Antes de la llegada de los conquistadores españoles, el actual valle de San Cristóbal era conocido como Hueyzacatlán que en náhuatl significa «junto al zacate grande».
El 31 de marzo de 1528, el conquistador español Diego de Mazariegos fundó en dicho valle la Villa Real de Chiapas; el 21 de junio de 1529, a petición de Juan Enríquez de Guzmán, se le cambió la denominación por la de Villa Viciosa; el 11 de septiembre de 1531, por acuerdo de Cabildo, se le cambió el nombre por el de Villa de San Cristóbal de los Llanos.
El 7 de julio de 1536, se le cambió el nombre por el de Ciudad Real; el 27 de julio de 1829, se le modificó la denominación por la de Ciudad de San Cristóbal. El 31 de mayo de 1848, se le agregó el apellido Las Casas, quedando como San Cristóbal de Las Casas.
El 9 de agosto de 1892, se trasladó de allí definitivamente la capital del estado a la ciudad de Tuxtla Gutiérrez; el 13 de febrero de 1934, se le modificó el nombre de San Cristóbal de Las Casas por Ciudade las Casas.
el 4 de noviembre de 1943 se le restituyó su nombre anterior, quedando desde entonces como San Cristóbal de Las Casas, en honor a fray Bartolomé de Las Casas, protector de los indios.
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