Las lagunas revisten tal importancia que cada invierno se dan cita alrededor de ellas más de 20 especies de patos y gansos migratorios. La mayoría son gansos de collar, pero también asisten a la congregación cientos y a veces miles de patos, como el copetón, el golondrino, los cabezudos y el pato boludo. Otras especies más anidan en los bordes de la reserva, como el ibis blanco, el águila pescadora, los cormoranes, y las garzas blanca, gris, flaca y roja. La riqueza de aves que llega a estas lagunas es conocida desde hace décadas, es por eso que desde 1972 se les declaró refugio de aves acuáticas migratorias.

Sin embargo, sus atributos no terminan ahí. La fauna marina consiste de especies marinas de importancia pesquera, como las almejas chocolata (Megapitaria squalida) y mano de león (Lyropectec subnudosos), ostras, langostas, peces como la curvina y varias especies de tiburones y algas. Aunadas están las que son de atractivo turístico, como las tortugas marinas, la foca común y los lobos marinos, aunque la que imanta al turismo con su carisma es la ballena gris.

Como otras especies de cetáceos, la ballena gris tiene una constitución aerodinámica que facilita su desplazamiento, una cualidad imprescindible para una andariega que se alimenta de anfípodos y poliquetos en los gélidos mares de Chukchi y Bering, al norte del continente americano, para después viajar diez mil kilómetros a las apacibles aguas de las lagunas de San Ignacio, Ojo de Liebre y Bahía Magdalena, en Baja California Sur, donde nace y cría al único hijo que gesta durante 12 meses.

Estos cuerpos de agua son excelentes guarderías, porque la salinidad del agua favorece la flotabilidad, lo que facilita la crianza mientras los pequeños aprenden a nadar, a la par que la profundidad mantiene lejos a sus predadores. Al nacer, los ballenatos pesan apenas media tonelada, pero bajo un régimen a base de leche elevada en grasas (53 %) en tres meses tienen la suficiente corpulencia como para comenzar, bajo la mirada acechante de su madre, su primera aventura hacia los mares del norte.

En su recorrido tanto de ida como de vuelta, la ballena gris permanece próxima a la costa, una conducta que facilita su avistamiento, pero también su caza, la cual la condujo hasta casi el exterminio en el xix por parte principalmente de embarcaciones norteamericanas, como aquellas de Charles Melville Scammon. Más adelante, de 1917 a 1936, México acordó con empresas nacionales y extranjeras la captura y explotación de ballenas, así como el establecimiento de plantas industrializadoras de aceite. Sin embargo, poco antes, en 1933, nuestro país se incorporó a la Convención Relativa a la Reglamentación de la Caza de Ballenas y, en 1949, tres años después de su creación, se adhirió a la Comisión Ballenera Internacional, cuyo nacimiento ha tenido por objeto la conservación de las ballenas y el ordenamiento de la industria alrededor de ella.

Por aquel tiempo, a nivel internacional, se gestó un movimiento de conservación de las ballenas, dentro del cual México fue pionero al declarar en 1972 zona de refugio la laguna Ojo de Liebre. En 1979 le sigue la laguna San Ignacio y para 1980 se añaden Guerrero Negro y Manuela. Finalmente, en 1988, se crea la Reserva de la Biosfera El Vizcaíno, y en 1993 son declaradas las lagunas Ojo de Liebre y San Ignacio como Patrimonio de la Humanidad por la unesco.

A pesar de que el turismo de observación de ballenas en las lagunas de reproducción se remonta al inicio de la década de los setenta, los viajes se ofertaban desde San Diego con todos los servicios incluidos, por lo que en poco se beneficiaba el comercio local. Como resultado, en 1980 las nuevas regulaciones forzaron a que se usaran pangas locales para involucrar a los pobladores residentes en la industria. En el año 2000 se publica la Norma Oficial Mexicana nom-131-ecol-1998 que estipula los lineamientos de conservación y protección para las actividades relacionadas con el avistamiento de ballenas. En el 2002 se reforma la Ley General de Vida Silvestre para impedir el aprovechamiento extractivo de cualquier mamífero marino, sea de subsistencia o comercial, excepto aquellos destinados a la educación y a la investigación científica.